L’Arxiu Històric es creà l’any 1937 a petició del propi Ajuntament d’Eivissa, sota el patronat de la Diputació Provincial de Balears. Isidor Macabich en fou el primer director. Després de la seua mort, es contractaren diverses persones de forma molt discontínua, per tal de portar a terme l’ordenació i inventari dels documents. Amb la provisió de la plaça d’arxivera-bibliotecària, les dependències de l’arxiu es pogueren obrir als investigadors i públic en general el 22 de juny de 1989.

El seu fons està format per la documentació de l’antiga Universitat d’Eivissa i Formentera i l’antiga Cúria, i la documentació que generà o rebé el nou Ajuntament. 

Les principals tasques de l’Arxiu Històric d’Eivissa durant aquestes dues dècades han estat la d’ordenació i classificació dels fons documental, la restauració i recuperació de documents, i la difusió a través de publicacions, exposicions i visites guiades, entre d’altres actuacions. Igualment, les nombroses donacions o cessions dels particulars, han contribuït ha augmentar i enriquir el seu fons.

D’entre les seccions especials destaca la Cartografia amb mapes antics a partir del segle XV, l’Arxiu d’Imatge i So Municipal (AISME) i l’Hemeroteca, que compta amb les publicacions periòdiques antigues ja digitalitzades. També disposa d’una biblioteca amb fons especialitzat d’arxivística, fons local i de Balears, i obres antigues i exhaurides. 

Alguns del documents més importants de l’arxiu son:
– Llibre de la cadena. Conté copiats tots aquells documents que eren important per al funcionament legal de la Universitat i els Jurats, i els drets i privilegis atorgats a Eivissa i Formentera durant cinc segles, des de la carta de les franqueses, llibertats i costums d’Eivissa (1236) fins  el decret de Nova Planta (1716).
– Llibre de clavaria de 1373. Correspon a un dels oficials de la Universitat anomenat Clavari que es feia càrrec de pagar els salaris dels oficials de la universitat i altres despeses. És un llibre de comptes i és el document més antic.
– Títol de la Ciutat d’Eivissa. És una Real Cédula que concedeix el títol de la Ciutat a la Vila i Reial Força d’Eivissa. Està signat a San Lorenzo del Escorial, el 22 d’octubre de 1782 pel Rei Carles III.
Ubicat des dels seus inicis a l’antic edifici del Convent, el dia 9 d’abril de 2007 va tenir lloc la inauguració oficial de les noves dependències municipals a l’edifici de Can Botino. Les noves instal·lacions estan dotades d’una àmplia sala de consulta, una sala d’exposicions temporals a la Sala de ses Voltes, i un millor equipament per tal de garantir la conservació de tots els documents.